Yhdistys ylläpitää kolmea rahastoa, joista jaetaan apurahoja farmasiakunnan jäsenille tieteelliseen tutkimukseen ja tutkijankoulutustoimintaan.
Apteekkineuvos Albert Wuokon rahasto on palkintorahasto, josta jaetaan vuosittain tunnustuspalkinto. Palkinnon saajan tulee olla vähintään proviisorin tutkinnon suorittanut, joka tieteellisen tai käytännöllisen farmasian alalla on vienyt farmasiaa eteenpäin Suomessa. Joka toinen vuosi tunnustuspalkinto myönnetään nuorelle tutkijalle.
Suomen farmaseuttisen yhdistyksen tutkimus- ja koulutusrahastosta voidaan myöntää henkilökohtaisia apurahoja tieteellisestä tutkimustyöstä aiheutuviin kustannuksiin sekä tieteellisiin kokouksiin, tutkijankoulutustilaisuuksiin tai jatkokoulutustilaisuuksiin osallistumista varten. Apuraha voidaan myöntää myös ulkomaiselle tutkijalle, joka tulee Suomeen osallistuakseen tutkimustyöhön tai tutkijankoulutukseen. Apurahat julistetaan haettaviksi tammikuussa ja toukokuussa ja niiden jaosta ja suuruudesta päättää Suomen farmaseuttisen yhdistyksen hallitus.
Apteekkineuvos Richard Björkstenin rahaston tarkoituksena on ylläpitää ja kehittää maassamme farmaseuttista tieteellistä julkaisutoimintaa ja avustaa tieteellisten kokousten tai tutkijankoulutustilaisuuksien järjestämistä sekä rahoittaa yhdistyksen omaa esitelmä- ja seminaaritoimintaa. Avustusten myöntämisestä päättää Suomen farmaseuttisen yhdistyksen hallitus - ja niin harkitessaan - myös ilman määräaikaan sidottua hakumenettelyä.